Doutorado em Ciências da Comunicação, em 1996, Manuel Pinto é Professor Catedrático do Instituto de Ciências Sociais da Universidade do Minho, onde ensina nas áreas de Estudos Jornalísticos e Literacia para os Media. É o Diretor do curso de Doutoramento em Ciências da Comunicação da UM e preside ao Conselho do Instituto de Ciências Sociais.

Tem desenvolvido investigação sobre Literacia para os Media, Sociologia dos Media e Políticas de Comunicação e, mais recentemente, sobre culturas populares. Coordenou a equipa portuguesa que participou no projeto europeu EMEDUS (European Media Literacy Education Study), financiado pela Comissão Europeia. Foi membro eleito do Conselho Geral da Universidade do Minho e integrou entre 2014 e 2017 o Conselho Geral Independente da Rádio e Televisão de Portugal S.A.